Le specie che costituiscono la flora normale sono influenzate da molti fattori (p. es., dieta, igiene, condizioni sanitarie, inquinamento dell’aria). Per esempio, i lattobacilli sono dei comuni organismi intestinali commensali frequenti nei soggetti con un alto consumo di latticini; l’Haemophilus influenzae colonizza l’albero tracheobronchiale nei pazienti che presentano malattia polmonare cronica ostruttiva (Chronic Obstructive Pulmonary Disease, COPD).

I microrganismi patogeni possono a volte far parte della flora normale. I microrganismi che fanno parte della flora normale possono essere causa di malattia specialmente nei pazienti le cui barriere difensive siano alterate.