Spesso nell’intestino sono presenti molteplici parassiti patogeni e commensali non patogeni. I più importanti patogeni sono Entamoeba histolytica, Giardia lamblia, Cryptosporidium, Isospora, Cyclospora e Microsporidia.

I protozoi intestinali sono trasmessi per via oro-fecale e le infezioni sono largamente diffuse nei Paesi in via di sviluppo con strutture sanitarie inadeguate. Esse sono comuni anche negli USA in quei luoghi dove sia prevalente trovare pazienti con incontinenza fecale e scarsa igiene, come negli istituti psichiatrici e nei centri diurni di accoglienza. Alcune amebe e protozoi gastrointestinali si diffondono come malattie sessualmente trasmesse, specialmente tra i maschi omosessuali promiscui e diverse specie di protozoi causano serie infezioni opportunistiche in pazienti con AIDS. Le persone infette ma asintomatiche sono la fonte maggiore di diffusione ambientale e interpersonale e vanno perciò trattate.

La diagnosi su base solamente clinica non è attendibile; è necessario l’esame microscopico di campioni idonei di feci. La diagnosi può richiedere che siano sottoposti a esami numerosi campioni, con metodi di concentrazione, colorazioni speciali o tecniche diagnostiche semiinvasive come la biopsia endoscopica (v. Tab. 161-1).