La Candida albicans è un normale costituente della flora orale. Quando esistono delle condizioni che favoriscono la crescita fungina rispetto a quella batterica, si sviluppa una candidosi. Le condizioni che favoriscono la crescita fungina nell'esofago includono il trattamento con antibiotici ad ampio spettro, particolarmente le tetracicline; un'alta concentrazione salivare di glucoso (p. es., nel diabete mellito); un'immunità cellulare compromessa (p. es., AIDS, leucemia o dopo chemioterapia); la stasi esofagea (p. es., nell'acalasia o nella sclerodermia). I pazienti solitamente lamentano odinofagia e, meno comunemente, disfagia. L'esame dell'orofaringe può svelare le tipiche chiazze bianche, ma la loro assenza non esclude l'interessamento esofageo. L'esofagogramma può evidenziare la presenza di placche leggermente sollevate per tutta la lunghezza dell'esofago oppure solamente una anomalia motoria, ma l'endoscopia è più sensibile e specifica. L'esame istologico delle preparazioni con idrossido di potassio, mostra la presenza di masse di spore in gemmazione o di ife. Nei casi più lievi, una sospensione di nistatina (5 ml di una sospensione di 100000 U/ml qid) può essere agitata in bocca e quindi deglutita. Nei casi più resistenti, può essere necessario un trattamento sistemico con il fluconazolo, con il chetoconazolo o con l'amfotericina B (v. Principi generali di terapia nel Cap. 158).

Il virus dell'herpes simplex (HSV) e il citomegalovirus (CMV) possono infettare l'esofago e causare una grave odinofagia nei pazienti immunosoppressi. Per la diagnosi è necessaria l'endoscopia e, molto utile, è l'esame citologico. Il trattamento del HSV non è di solito necessario nei casi lievi, ma quando i sintomi sono gravi e prolungati, si può tentare con la somministrazione di acyclovir (o vidarabina) EV. Il CMV è trattato con il ganciclovir, 5 mg/kg EV q 12 h per 14-21 giorni e con una dose di mantenimento di 5 mg/kg per 5 giorni/sett. nei pazienti immunocompromessi.