A eccezione dei casi di gastrinoma, dopo una gastrectomia parziale o subtotale spesso si sviluppa un'atrofia gastrica con una metaplasia della restante mucosa del corpo. La gastrite è di solito più marcata a livello dell'anastomosi.

Sono possibili diversi meccanismi: la vagotomia può causare una scomparsa dell'azione trofica vagale; la presenza di bile a contatto della mucosa gastrica può essere dannosa; l'assenza della gastrina antrale, l'ormone gastrotrofico, provoca una scomparsa delle cellule parietali e peptiche.

Gli aspetti endoscopici e istologici non sempre coincidono e i sintomi solitamente non corrispondono all'entità della gastrite. La gastrite post-gastrectomia spesso progredisce fino all'atrofia grave e all'acloridria. Il fattore intrinseco può essere assente e alcuni pazienti possono diventare carenti di vitamina B₁₂ (una crescita massiva di batteri nell'ansa afferente può contribuire alla carenza di vitamina B₁₂). Il rischio relativo di adenocarcinoma gastrico sembra aumentare, 15 o 20 anni dopo una resezione gastrica; tuttavia, data la bassa incidenza di cancro post-gastrectomia, la sorveglianza endoscopica di routine probabilmente non è efficace dal punto di vista dei costi. Il medico deve sorvegliare attentamente questi pazienti e studiare aggressivamente ogni sintomo o segno GI (p. es., anemia).