Tuttavia, il trapianto possiede ancora diverse limitazioni, principalmente a causa del rigetto, che può distruggere il tessuto poco tempo dopo l’impianto, salvo in circostanze particolari (p. es. la maggior parte dei trapianti di cornea e di cartilagine e i trapianti tra gemelli identici). Il rigetto più lento, cronico è inoltre emerso come un fattore significativo per la sopravvivenza a lungo termine e per lo stato funzionale degli organi trapiantati. Anche le limitazioni nella disponibilità di organi provenienti da donatori umani continuano ad avere importanza.

I trapianti sono classificati in base alla sede e in base alla relazione genetica esistente tra il donatore e il ricevente. Il trapianto di un tessuto o di un organo è ortotopico se l’impianto avviene in una sede anatomica normale del ricevente (p. es. nel trapianto di cuore). L’impianto in una sede diversa da quella normale viene chiamato eterotopico (p. es. il trapianto di un rene all’interno della fossa iliaca del ricevente). Un autotrapianto è il trasferimento di un tessuto appartenente allo stesso individuo da una sede corporea a un’altra (p. es. un trapianto di osso per la stabilizzazione di una frattura). Un trapianto singenico (isotrapianto) è un trapianto tra gemelli identici; un allotrapianto (omotrapianto) è un trapianto tra individui geneticamente diversi appartenenti alla stessa specie. Gli xenotrapianti (eterotrapianti) sono trapianti tra membri di specie diverse. Gli xenotrapianti sono in genere limitati a strutture fisse, non vitali, p. es. le valvole cardiache di maiale. Un ulteriore miglioramento della terapia immunosoppressiva potrebbe consentire la riuscita di xenotrapianti di organo, per aiutare a superare l’attuale critica scarsità di donatori.

Con rare eccezioni, i trapianti sono allotrapianti da donatori familiari viventi (e occasionalmente da individui non imparentati con il ricevente) oppure da cadavere. Ai donatori viventi si ricorre principalmente per il trapianto di rene e di midollo osseo, ma è sempre più frequente la donazione da parte dei familiari del ricevente per l’esecuzione di trapianti segmentari di fegato, pancreas e polmone. L’accettazione del concetto di morte cerebrale ha incrementato l’utilizzo e la domanda di organi prelevati da cadavere, rendendoli una pratica comune per ottenere diversi organi da un singolo donatore. Ciò nonostante, la richiesta di organi è di gran lunga superiore alla loro disponibilità da parte dei familiari dei pazienti e il numero dei pazienti in attesa di trapianti d’organo continua a crescere (v. Tab. 149-2).