Poiché il disturbo schizoaffettivo è spesso associato a disabilità, è necessario un trattamento integrato (comprendente farmaci, psicoterapia e sostegno territoriale). Per il trattamento della forma bipolare (maniacale), l’associazione di antipsicotici e litio può essere più efficace degli antipsicotici da soli. Per il trattamento della forma depressiva, gli antipsicotici vengono comunemente associati agli antidepressivi, sebbene il beneficio dell’aggiunta di questi ultimi farmaci non sia stato dimostrato. Gli antipsicotici di nuova generazione possono avere maggiore efficacia di quelli classici.